补充侦查发生阶段补充侦查发生在审查批捕、审查起诉和法庭审理三个阶段。
1、审查批捕阶段的补充侦查：
人民检察院对于公安机关提请批准逮捕的案件进行审查后，对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关(详见：《刑事诉讼法》第68条，《刑诉规则》第101条)。
2、审查起诉阶段的补充侦查：
(1)、人民检察院审查起诉部门在审查中发现侦查人员以非法方法收集犯罪嫌疑人供述、被害人陈述、证人证言的，应当提出纠正意见，同时应当要求侦查机关另行指派侦查人员重新调查取证，必要时人民检察院也可以自行调查取证。侦查机关未另行指派侦查人员重新调查取证的，可以依法退回侦查机关补充侦查(详见：《刑诉规则》第265条)。
(2)、公安机关侦查终结的案件，人民检察院审查之后，需要补充侦查时，既可以决定将案件退回公安机关补充侦查，也可以决定自行侦查，必要时可以要求公安机关协助(详见：《刑诉规则》第266条)
(3)、人民检察院审查起诉部门对本院侦查部门移送审查起诉的案件审查后，认为犯罪事实不清、证据不足或者遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人等情形，认为需要补充侦查的，应当向侦查部门提出补充侦查的书面意见，连同案卷材料一并退回侦查部门补充侦查(详见：《刑诉规则》第267条)。
3、法庭审理阶段的补充侦查：
在法庭审理过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，并提出补充侦查建议的，人民法院可以延期审理(详见：《刑事诉讼法》第165条第(二)项和第166条)。法庭审理阶段的补充侦查，一般由人民检察院自行补充侦查，必要时可以要求公安机关协助。
