若员工在工作期间因疏忽而未能及时进行打卡，但有确凿的出勤证据得以证实的话，那么用人单位擅自停发其工资这一行为无疑是违法的。在这种情况下，作为当事人的劳动者有权向相关机构提出劳动仲裁的请求。关于员工的出勤情况，如考勤记录等关键证据，应由用人单位负责保管并妥善管理。在争议发生时，如用人单位未能按规定提供此种证据，则需承担相应的不利法律后果。
《劳动法》第九十一条
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
