针对设施农业用地违规的处理措施:
自然资源管理部门有权没收该违规行为所带来的所有非法收益;
有义务使被破坏的土地还原到原始状态,同时可以依据相关法律法规进行罚款;
如果发现该违规行为涉及违法建设等严重问题,可以责令其在规定的期限内进行整改或者加以修复,并要求支付相应的复垦费用;
对于那些对此次违规行为负有直接责任的主管人员以及其他直接责任人,应按照相关法律法规予以行政处分;
若情节严重,甚至可能触犯刑法,届时将会面临刑事责任的追究。
《中华人民共和国土地管理法》第七十四条
买卖或者以其他形式非法转让土地的,由县级以上人民政府自然资源主管部门没收违法所得;对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的,限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施,恢复土地原状,对符合土地利用总体规划的,没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施;可以并处罚款;对直接负责的主管人员和其他直接责任人员,依法给予处分;构成犯罪的,依法追究刑事责任。
《中华人民共和国土地管理法》第七十六条
违反本法规定,拒不履行土地复垦义务的,由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正;逾期不改正的,责令缴纳复垦费,专项用于土地复垦,可以处以罚款。