关于农村地区耕地遭受破坏的问题，双方当事人可依照自身意愿选择自行协商解决，亦可寻求所在村庄的村民委员会或所属乡镇的人民政府搭建平台进行调解，或者递交至土地承包仲裁机构申请仲裁，当然还可以直接采取法律手段向人民法院提起诉讼。
对于曾有侵犯耕地面临被毁坏的情况，应由县级及以上级别的人民政府相关部门勒令其在规定期限内进行整改或治理，同时拆除新建的设施，恢复土地原貌，情节严重者，可以处以相当于耕地开垦费双倍罚款。
故意毁损农民耕地超过5亩，非法占据农田之外的耕地面积达到10亩以上的，将构成非法占用农用地罪，根据相关法律法规，将依法判处5年以下有期徒刑或拘役，并处以相应的罚金。
《中华人民共和国土地管理法》第七十五条
违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
