一、发起主体方面存在差异。
起诉意见书是由公安机关或者检察机关按相关规定来制作的;
而起诉书，作为人民检察院必须按照严格的诉讼流程进行，以国家名义向人民法院对被告人提出公诉的法律文书，因此也被誉为“公诉书”。
二、在递送对象上两者有所区别。
起诉意见书主要递送到同级人民检察院或是本院的公诉部门;
而起诉书，通常情况下，它是直接主送给人民法院，再由法院将其分别发送给每一位被告人、辩护人、并同时附带进入检察卷宗档案以及检察院内部卷宗。
三、特别需指出的是，两者在具体内容上并不总是保持一致性。
检察院有权修正起诉意见书中所认定的犯罪行为类别，甚至可以选取其中一部分内容作为指控依据，而其余部分则予以撤销起诉。《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十六条
人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。
犯罪嫌疑人认罪认罚的，人民检察院应当就主刑、附加刑、是否适用缓刑等提出量刑建议，并随案移送认罪认罚具结书等材料。
