只有借条没有转账凭证的，如果借条真实有效的，法院会认定借款事实存在。
法院会根据现金交付金额的大小、出借人的支付能力、当事人之间的交易方式、交易习惯以及借贷双方之间的关系等，综合判断借贷事实是否真实发生。
法律依据：
《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十五条
原告仅依据借据、收据、欠条等债权凭证提起民间借贷诉讼；
被告抗辩已经偿还借款的，被告应当对其主张提供证据证明。被告提供相应证据证明其主张后，原告仍应就借贷关系的存续承担举证责任。
被告抗辩借贷行为尚未实际发生并能作出合理说明的，人民法院应当结合借贷金额、款项交付、当事人的经济能力、当地；或者当事人之间的交易方式、交易
习惯、当事人财产变动情况以及证人证言等事实和因素，综合判断查证借贷事实是否发生。
