两者的最大区别在于案件的适用范围存在着巨大的差异，同时被告缺席的是不适用速裁程序的；
刑事缺席审判制度是《中华人民共和国刑事诉讼法》对缺席审判作出的制度安排。制度明确了对于贪污贿赂犯罪案件，以及需要及时进行审判，经最高人民检察院核准的严重危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人在境外，监察机关、公安机关移送起诉，人民检察院认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，可以向人民法院提起公诉。
刑事速裁程序适用案件分为两大类，一是依法可能单处罚金的案件，没有罪名限制;二是依法可能判处1年以下有期徒刑、拘役、管制的案件，仅限于《试点办法》列举的危险驾驶、交通肇事、盗窃、诈骗等11种犯罪。量刑以1年有期徒刑为限，采取有限列举的方式，主要考虑这些犯罪情节轻微、常见多发，量刑规范已较明确，具备速裁条件。适用条件《试点办法》规定，被告人对检察机关量刑建议没有异议，人民法院审查认为量刑建议不当的，不适用速裁程序。
《刑事诉讼法》
第二百九十六条 因被告人患有严重疾病无法出庭，中止审理超过六个月，被告人仍无法出庭，被告人及其法定代理人、近亲属申请或者同意恢复审理的，人民法院可以在被告人不出庭的情况下缺席审理，依法作出判决。
