1、对于证据不足的,公安机关应当在补充证据后,制作补充侦查报告书,移送检察院审查起诉;对无法补充的证据,应当作出说明。补充侦查后即使证据依然不够充分,公安机关也不能自行处理,只能移送检察院审查决定起诉或者不起诉。
2、在补充侦查过程中,公安机关发现新的同案犯或者新的罪行,需要追究刑事责任的,应当重新制作起诉意见书,移送检察院审查。这时,侦查羁押期限和审查起诉期限存在重新计算的问题,但公安机关不能撤销原案件。
3、发现原认定的犯罪事实有重大变化,不应当追究刑事责任的,如发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实,或者犯罪嫌疑人有刑诉法第15条六种不追究刑事责任的法定情形的,公安机关应当重新提出处理意见,并将处理结果通知退查的检察院。