根据破产法的规定，公司申请破产，但是没有钱赔偿员工时，员工可以向人民法院提起诉讼，但是不能申请劳动仲裁。公司进行破产清算的，应当支付劳动者一定金额的经济补偿金，具体数额按照劳动者在该单位工作的期限来计算。主张经济补偿金的劳动者可以直接向破产的管理人提出，由管理人列出清单，经过公示后就可以领取补偿金。劳动者对公司发放补偿金的清单存在异议的，可以要求管理人员予以更正。同时如果这时候，公司的管理人声称公司已经没有钱的，劳动者应当及时向受理破产申请的人民法院提起诉讼。由于企业在进入清算程序后，不能够再适用其他诉讼或者仲裁的程序，一切纠纷只能在受理破产的法院进行。因此，劳动者不能提起劳动争议仲裁，只能向受理破产申请的人民法院提起诉讼。
法律依据：
《企业破产法》第二条
企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的，依照本法规定清理债务。 企业法人有前款规定情形，或者有明显丧失清偿能力可能的，可以依照本法规定进行重整。
