1、不会。电子厂自动离职一般是不会扣工资的，但是如果劳动者自动离职给用人单位造成了一定损失的，劳动者应当对电子厂进行赔偿。电子厂经济损失的赔偿，可以从劳动者本人的工资中进行扣除。
2、法律依据：《工资支付暂行规定》
第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
