计算劳动者经济补偿金的个税的办法:其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分,免征个人所得税;超过的部分可视为一次取得数月的工资、薪金收入,以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。法律依据:《中华人民共和国个人所得税法》第六条 应纳税所得额的计算:
(一)居民个人的综合所得,以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额,为应纳税所得额。
(二)非居民个人的工资、薪金所得,以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额;劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得,以每次收入额为应纳税所得额。