首先，二者的法律性质不同，刑事拘留是刑事诉讼活动中的一种保证性措施，其本身不具有惩罚性；而行政拘留是依据行政法律作出的行政处罚，其本身具有惩罚性。
其次，二者适用对象不同，刑事拘留适用于刑事案件中现行犯或者重大嫌疑分子，是即将被追究刑事责任的对象；而行政拘留适用于其违法行为按照相应的行政法律应予以惩戒的人，该人的违法行为尚不构成刑事犯罪。再次，二者适用目的不同，适用刑事拘留的目的是保证刑事诉讼活动顺利进行；而行政拘留的目的是处罚和教育一般违法行为的人。
最后，二者羁押期限不同，对于一般现行犯、重大嫌疑分子，刑事拘留的最长期限是14天，对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子的最长拘留期限为37天；而行政拘留的最长期限是15天。
