分居两年只是离婚情形之一，关于两个小孩抚养权判决有相应原则。两周岁以下子女一般随母方生活，但母方有患严重疾病等特定情形可随父方。父母对两周岁以上未成年子女抚养有争执，应考虑子女意见。父母抚养条件相近，子女长期随祖父母或外祖父母生活的可优先考虑。八周岁以上未成年子女抚养有争执也应考虑其意见，法院综合多因素，以利于孩子成长判归属。