结论：软件著作权登记证书丢失了，当事人可以及时申请补发或换发。
解析：
软件著作权登记证书丢失了，当事人可以及时申请补发或换发。根据相关法律规定，软件著作权登记后，应当予以登记公告，若登记证书遗失或损坏的，可申请补发或换发。
法律依据：
《计算机软件著作权登记办法》第九条
申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：
（一）按要求填写的软件著作权登记申请表；
（二）软件的鉴别材料；
（三）相关的证明文件。
第十九条
对于本办法第九条和第十四条所指的申请，以收到符合本办法第二章规定的材料之日为受理日，并书面通知申请人。
第二十条
中国版权保护中心应当自受理日起60日内审查完成所受理的申请，申请符合《条例》和本办法规定的，予以登记，发给相应的登记证书，并予以公告。
第二十五条
登记证书遗失或损坏的，可申请补发或换发。
《计算机软件保护条例》第7条的规定，除计算机软件的程序和文档外，著作权法不保护计算机软件开发所用的思想、概念、发现、原理、算法、处理过程和运算方法。因此，软件著作权保护计算机软件的程序和文档，同时， 软件著作权不保护思想、概念、发现、原理、算法、处理过程和运算方法，具体而言，不保护的方面有：
1、过于简单的程序。只要程序设计者自己写了一段程序，不是抄袭来的，程序本身是最低限度的技能、努力或者判断所得的结果，那么该程序就是独创的。但是版权中有一条“琐事原则”，即价值不大，无足轻重的或者微不足道的作品不受保护。
2、算法所谓算法，就是指决定数据处理顺序的数学方法。或者说，用以实现一个给定的结果的固定的一步又一步的过程，通常是用于解决一个复杂问题的简化过程。算法属于创意的范畴，而不属于表达的范畴。因此它不受版权保护。
3、计算机语言。因为通常几乎所有的程序源文本都是以有限制的几种计算机语言写成，所以，如果计算机语言受版权保护，则会产生很不合理的垄断现象，从而阻碍技术进步。值得指出的是，明确规定计算机语言不受著作权法保护的，只有日本，其他国家并没有明文规定，但不代表没有判决实例。
《计算机软件保护条例》第7条的规定，除计算机软件的程序和文档外，著作权法不保护计算机软件开发所用的思想、概念、发现、原理、算法、处理过程和运算方法。因此，软件著作权保护计算机软件的程序和文档，同时， 软件著作权不保护思想、概念、发现、原理、算法、处理过程和运算方法，具体而言，不保护的方面有：
1、过于简单的程序。只要程序设计者自己写了一段程序，不是抄袭来的，程序本身是最低限度的技能、努力或者判断所得的结果，那么该程序就是独创的。但是版权中有一条“琐事原则”，即价值不大，无足轻重的或者微不足道的作品不受保护。
2、算法所谓算法，就是指决定数据处理顺序的数学方法。或者说，用以实现一个给定的结果的固定的一步又一步的过程，通常是用于解决一个复杂问题的简化过程。算法属于创意的范畴，而不属于表达的范畴。因此它不受版权保护。
3、计算机语言。因为通常几乎所有的程序源文本都是以有限制的几种计算机语言写成，所以，如果计算机语言受版权保护，则会产生很不合理的垄断现象，从而阻碍技术进步。值得指出的是，明确规定计算机语言不受著作权法保护的，只有日本，其他国家并没有明文规定，但不代表没有判决实例。
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