我在自家的老宅基地上危房重建，也有宅基地证

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你可以进行修善，这个不需要重新申请。但是你要全部重新修，那要进行申请，而且不一定可以批准。

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首先带着身份证、户口、原房照和土地证，去当地的土地部门办理土地审批手续——一般是土地所、住建所办理相关登记，同时申请D级危房鉴定(这个鉴定时间较长，具体需携带资料请咨询以上两个部门)，批准后才能进行房屋重建。

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农村房产证办理流程主要是依据《房屋登记办法》的如下规定：
第八十二条 依法利用宅基地建造的村民住房和依法利用其他集体所有建设用地建造的房屋，可以依照本办法的规定申请房屋登记。
法律、法规对集体土地范围内房屋登记另有规定的，从其规定。
第八十三条 因合法建造房屋申请房屋所有权初始登记的，应当提交下列材料：
（一）登记申请书；
（二）申请人的身份证明；
（三）宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；
（四）申请登记房屋符合城乡规划的证明；
（五）房屋测绘报告或者村民住房平面图；
（六）其他必要材料。
申请村民住房所有权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。
农村集体经济组织申请房屋所有权初始登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。
第八十四条 办理村民住房所有权初始登记、农村集体经济组织所有房屋所有权初始登记，房屋登记机构受理登记申请后，应当将申请登记事项在房屋所在地农村集体经济组织内进行公告。经公告无异议或者异议不成立的，方可予以登记。
第八十五条 发生下列情形之一的，权利人应当在有关法律文件生效或者事实发生后申请房屋所有权变更登记：
（一）房屋所有权人的姓名或者名称变更的；
（二）房屋坐落变更的；
（三）房屋面积增加或者减少的；
（四）同一所有权人分割、合并房屋的；
（五）法律、法规规定的其他情形。
第八十六条 房屋所有权依法发生转移，申请房屋所有权转移登记的，应当提交下列材料：
（一）登记申请书；
（二）申请人的身份证明；
（三）房屋所有权证书；
（四）宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；
（五）证明房屋所有权发生转移的材料；
（六）其他必要材料。
申请村民住房所有权转移登记的，还应当提交农村集体经济组织同意转移的证明材料。
农村集体经济组织申请房屋所有权转移登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。
第八十七条 申请农村村民住房所有权转移登记，受让人不属于房屋所在地农村集体经济组织成员的，除法律、法规另有规定外，房屋登记机构应当不予办理。
第八十八条 依法以乡镇、村企业的厂房等建筑物设立抵押，申请抵押权登记的，应当提交下列材料：
（一）登记申请书；
（二）申请人的身份证明；
（三）房屋所有权证书；
（四）集体所有建设用地使用权证明；
（五）主债权合同和抵押合同；
（六）其他必要材料。
第八十九条 房屋登记机构对集体土地范围内的房屋予以登记的，应当在房屋登记簿和房屋权属证书上注明“集体土地”字样。
第九十条 办理集体土地范围内房屋的地役权登记、预告登记、更正登记、异议登记等房屋登记，可以参照适用国有土地范围内房屋登记的有关规定。
除上述规定外，各地根据当地实际情况也有一些具体的规定，建议你到当地房屋管理部门去详细咨询一下。