没有结婚证分居，男方不愿支付抚养费，可以去法院起诉吗

可以。
1、非婚生子女和婚生子女享有同等的权利。不直接抚养非婚生子女的生父应当负担子女的生活费和教育费，直至子女能独立生活为止。男方如不直接抚养孩子，你可以要求男方支付孩子的生活费和教育费至孩子可以独立生活为止。
2、抚育费的数额双方可以协商确定。协商不成，可根据子女的实际需要、你和男方的负担能力和当地的实际生活水平确定。男方如果每月有固定收入，一般按照抚养人月总收入的百分之二十至三十的比例给付抚养费。如果男方无固定收入的，抚育费的数额依据他当年总收入或同行业平均收入参照上述比例确定。孩子因患病、上学等实际需要或其他正当理由需要增加抚养费的，可以要求增加抚养费。男方拒不支付抚养费，你方可以向男方所在地的人民法院起诉，待你方拿到生效判决后，对方如果还不履行的，你方可以申请法院强制执行。