甲方把工程转包给乙方，乙方又把工程转包给了丙方

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因为工程款与质量责任是两个不同性质的款项，乙方施工完毕后如果经过竣工验收或交付使用，那么甲方应该支付工程款。至于工程质量问题，属于甲方另行主张的权利。
何况经过了竣工验收的工程，乙方承担的是质量问题的修复责任；交付的工程，乙方只对主体结构的质量问题承担责任。这些都需要甲方证明。
如果工程没有经过竣工验收，也没有交付，甲方扣款不承担违约责任。因为甲方有权不支付工程款，或者属于支付工程款条件不成就。

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甲不对丙承担保证责任如果是出票人背书不得转让，后手背书转让无效如果是背书人背书不得转让，背书人不承担对其后手背书转让的保证责任《票据法》
第二十七条持票人可以将汇票权利转让给他人或者将一定的汇票权利授予他人行使。出票人在汇票上记载“不得转让”字样的，汇票不得转让。持票人行使
第一款规定的权利时，应当背书并交付汇票。背书是指在票据背面或者粘单上记载有关事项并签章的票据行为。
第三十四条背书人在汇票上记载“不得转让”字样，其后手再背书转让的，原背书人对后手的被背书人不承担保证责任。

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【法律意见】
甲方与乙方签订合同，丙方开票是明显不符合有关税务规定的。
国税发192号文明确如下：纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。
增值税暂行条例明确规定：纳税人销售货物或者应税劳务，应当向购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。
国税发134号文规定明确如下：在货物交易中，购货方从销售方取得第三方开具的专用发票，或者从销货地以外的地区取得专用发票，向税务机关申报抵扣税款或者申请出口退税的，应当按偷税、骗取出口退税处理，依照《中华人民共和国税收征收管理法》及有关规定追缴税款，处以偷税、骗税数额五倍以下的罚款。