但因甲方原因,现要提前支付余款,这样再签订补充协议是否与原协议冲突?

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你好，关于上述的问题，解答如下, 补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准。
签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议。合同补充协议的拟定需要注意几个信息：一是双方当事人的基本信息需全面具体二是说明拟定补充协议的原因三是协议补充的内容或变更的内容。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。 时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
法律依据
《中华人民共和国合同法》第六十一条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。

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尽管商品房买卖合同备案至关重要，但未经备案的话，合同不一定无效，而是要根据具体情况来区分。根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第六条的规定，如果合同双方约定以办理登记备案手续为商品房预售合同生效条件的，原则上要按照约定处理，也即要经过办理登记备案手续才生效，但如果合同一方已经履行主要义务，对方接受的，则即便没有登记备案也生效。比如说约定要登记备案才生效，但买房人已经支付了绝大部分房款了，那此时合同也已经生效。如果合同中未将“合同登记备案”作为合同生效条件进行约定，则按合同法规定判断该合同的效力，原则上合同有效。